• facebook
  • linkedin
  • youtube

1. Ngadeteksi absorbance leyuran RNA

Nyerep dina 280, 320, 230, sareng 260 nm ngagambarkeun nilai asam nukléat, latar (kekeruhan larutan), konsentrasi uyah, sareng bahan organik masing-masing sapertos protéin.Umumna ukur katingal dina OD260 / OD280 (Rasio, Urang Sunda).Nalika 1.8 ~ 2.0, urang mikir yén kontaminasi protéin atawa zat organik lianna di RNA bisa ditolerir, tapi kudu dicatet yén nalika Tris dipaké salaku panyangga pikeun ngadeteksi absorbance, nilai R bisa jadi leuwih gede ti 2 (umumna kudu <2.2).Nalika R<1.8, polusi protéin atawa zat organik lianna dina leyuran leuwih atra, sarta nasib RNA bisa ditangtukeun nurutkeun pangabutuh.Lamun R>2.2, hartina RNA geus dihidrolisis jadi asam nukléat tunggal.
 
2. Pola éléktroforétik RNA
Sacara umum, gél denaturing dianggo pikeun éléktroforésis RNA, tapi upami éta ngan ukur pikeun ngadeteksi kualitas RNA, gél denaturing henteu diperyogikeun, sareng gél agarose biasa tiasa dianggo.Tujuan éléktroforésis nyaéta pikeun ngadeteksi integritas pita 28S sareng 18S sareng rasiona, atanapi integritas smear mRNA.Sacara umum, upami pita 28S sareng 18S terang, jelas, sareng seukeut (ngarujuk kana ujung pita anu jelas), sareng kacaangan 28S langkung ti dua kali tina pita 18S, kami nganggap kualitas RNA anu saé.
Di luhur nyaéta dua padika anu biasa urang anggo, tapi henteu tina dua metode ieu tiasa jelas-jelas nyarioskeun ka urang naha aya residual RNase dina larutan RNA.Upami aya sajumlah leutik RNase dina leyuran, hese pikeun urang ngadeteksi éta ku metodeu di luhur, tapi kalolobaan réaksi énzimatik anu salajengna dilaksanakeun di luhur 37 derajat sareng kanggo waktos anu lami.Ku cara kieu, lamun aya jumlah leutik pisan RNase dina leyuran RNA, lajeng bakal aya lingkungan pisan cocog jeung waktu pikeun maénkeun peran maranéhanana dina percobaan saterusna, sarta tangtu percobaan bakal tiis dina waktu ieu.Di handap ieu kami ngenalkeun metode anu tiasa mastikeun naha aya residual RNase dina solusi RNA.
 
3. Uji pelestarian panas
Numutkeun konsentrasi sampel, tarik dua 1000 ng RNA tina leyuran RNA tur nambahkeun kana 0,5 ml centrifuge tube, sarta suplement eta kalawan pH 7,0 Tris panyangga kana volume total 10 ul, lajeng ngégél cap tina tabung.Nempatkeun salah sahijina dina mandi cai suhu konstan dina 70 ° C sarta tetep haneut salila 1 jam.Bagian sanésna disimpen dina kulkas -20 ° C salami 1 jam.Lamun waktuna geus nepi, piceun dua sampel pikeun éléktroforésis.Saatos éléktroforésis réngsé, bandingkeun pita éléktroforétik tina dua.Upami pita tina dua konsisten atanapi henteu aya bédana anu signifikan (tangtosna, pitana ogé nyumponan kaayaan dina metode 2), éta hartosna henteu aya kontaminasi residual RNase dina larutan RNA, sareng kualitas RNA anu saé pisan.Sabalikna, lamun sampel inkubasi dina 70 ° C nembongkeun degradasi atra, éta nunjukkeun yén aya kontaminasi RNase dina leyuran RNA.
 
2 Métode ékspérimén jeung téhnik ékstraksi RNA
Masalah anu sering urang hadapi nalika ékstraksi RNA nyaéta: (1) ngahasilkeun RNA rendah;(2) RNA boga polusi uyah serius;(3) RNA boga polusi pangleyur organik serius;(4) degradasi sampel jeung masalah séjén
 
1. Umumna dipaké réagen ékstraksi RNA total
Métode guanidine isothiocyanate sareng metode Trizol mangrupikeun metode anu paling sering dianggo pikeun ékstraksi total RNA tina jaringan sato sareng sél sato.Ieu hususna cocog pikeun sampel leutik jeung jaringan nu utamana hésé nimba, kayaning ékstraksi total RNA tina kulit kelenci jeung jaringan konéktif sato;Sajaba ti éta, Trizol, salaku réagen lysis tujuan umum, ogé bisa dipaké pikeun ékstraksi jaringan tutuwuhan, baktéri, fungi jeung jaringan lianna.Pikeun jaringan tutuwuhan anu ngandung polisakarida sareng polifenol, sapertos camellia oleifera, daun tea, rapeseed, sareng sajabana, metode CTAB ogé tiasa dianggo pikeun nimba total RNA.

Salaku métode konvensional, métode kolom ganda ogé pohara populér alatan operasi suhu normal na, teu perlu nambahkeun RNase, sarta kaamanan-henteu kloroform, fénol jeung réagen organik séjén pikeun ékstraksi.(produk dianjurkeun )

1
2

2. Ekstraksi total RNA tina jaringan sato
 
(1) Coba milih jaringan seger, lamun teu seger (preferably dina tilu bulan - 80 ℃ kulkas atawa beku dina nitrogén cair. Nalika motong jaringan, ulah motong langsung dina suhu kamar, pastikeun pikeun nempatkeun eta dina kotak és, coba ulah terus-terusan katirisan sarta thawing.
(2) Paké gunting beresih jeung pinset pikeun motong sapotong leutik jaringan, coba motong bagian tengah jaringan nalika motong sampel, atawa mimiti motong sapotong badag jaringan ti tengah, lajeng motong sampel dina posisi incision seger.Jaringan anu dipiceun kedah abon pinuh, nempatkeun jaringan abon kana tabung EP tanpa RNase, tambahkeun lysate, jaringan abon kedah pinuh kakeunaan lysate, sareng nyiapkeun homogenisasi.

(3) Pikeun jaringan normal, pilih jaringan ukuran kacang mung (30-60 mg) pikeun homogenisasi.Lamun jaringan ngandung jumlah badag protéin, lemak, atawa jaringan serat padet kayaning ati, appropriately nambahan atawa ngurangan jumlah jaringan potong (opsional) Pilih 10 ~ 20 mg).
(4) Lamun otot lauk, daging hurang, ubur-ubur jeung jaringan lianna kalayan kandungan cai luhur anu sasari, volume sampel kudu appropriately ngaronjat (dianjurkeun 100-200 mg).
(5) Upami kaayaan ngamungkinkeun, jaringan sato tiasa langsung diekstrak saatos dihomogenisasi sareng homogenizer jaringan saluran luhur, upami teu aya alat sapertos kitu.
(6) RNA diala sanggeus ékstraksi final kudu disimpen dina kotak és geuwat pikeun ngurangan degradasi RNA.

3. Ékstraksi RNA sél sato

(1) Sél gantung: centrifuge langsung tur Piceun sedeng, nyeuseuh jeung steril PBS pikeun 1-2 kali, lajeng numpurkeun kalawan jumlah luyu PBS, lajeng nambahkeun lysate pikeun lysis.Ulah nambahkeun lysate langsung ka sél precipitated sanggeus lengkep discarding cairanana.Ieu bakal ngabalukarkeun pakét histone dileupaskeun sanggeus sél lysed dina lapisan luar pikeun taat ka luar sél precipitated, kukituna ngawatesan kontak sél jero pellet jeung lysate nu., hasilna lisis sél teu lengkep jeung ngurangan ngahasilkeun RNA.

(2) Sél anu semi-adherent atanapi henteu pageuh adherent: Saatos miceun médium, nyeuseuh jeung PBS pikeun 1-2 kali, lajeng langsung nyerep jumlah luyu PBS jeung niup piring budaya jeung pipette atawa gun pikeun niup kaluar sél, sarta mindahkeun kana sél RNA-gratis.Tambahkeun lysate kana tabung EP énzim pikeun ékstraksi.

(3) Sél adherent: kudu dicerna heula jeung tripsin, lajeng dikumpulkeun kana RNase-gratis EP tabung, centrifuged ngaleupaskeun supernatant nu, dikumbah 1-2 kali kalawan PBS pikeun miceun kaleuwihan tripsin, sarta resuspended kalawan jumlah luyu PBS Lajeng lumangsungna lengkah ékstraksi.

4. Ékstraksi RNA tutuwuhan

Jaringan tutuwuhan beunghar ku sanyawa fénolik, atawa beunghar ku polisakarida, atawa ngandung sababaraha métabolit sékundér nu teu dipikanyaho, atawa miboga aktivitas RNase anu luhur.Zat-zat ieu digabungkeun pisan sareng RNA saatos lisis sél pikeun ngabentuk kompléx anu teu larut atanapi endapan koloid, anu hese dipiceun.Ku alatan éta, nalika urang nimba jaringan tutuwuhan, urang kudu milih kit pikeun tutuwuhan.Lysate dina kit sacara efektif tiasa ngabéréskeun masalah oksidasi gampang polifenol sareng pamisahan sanyawa polisakarida sareng asam nukléat.

(Pikeun ékstraksi RNA tutuwuhan polifenol polisakarida, produk dianjurkeun:

(1) Kulit, bubur, siki, daun, jeung sajabana tutuwuhan kudu pinuh digiling dina mortir.Salila prosés grinding, nitrogén cair kudu replenished dina waktu pikeun nyegah lebur sampel.Sampel taneuh kudu gancang ditambahkeun kana lysate jeung shaken pikeun nyegah degradasi RNA.

(2) Pikeun sampel-euyeub serat kayaning béas jeung daun gandum, jumlah ékstraksi kudu appropriately ngurangan, disebutkeun grinding jaringan sarta lysis moal lengkep, hasilna low ngahasilkeun RNA sasari.

(3) Pikeun jaringan tutuwuhan kalayan kandungan cai luhur, kayaning buah dalima, buah samangka, buah peach, jeung sajabana, ukuran sampel kudu appropriately ngaronjat (100-200 mg mangrupa pilihan).

(4) Jaringan tutuwuhan, kayaning daun tutuwuhan, rhizomes, bungbuahan teuas sarta bahan séjén umumna dianjurkeun ngagunakeun nitrogén cair pikeun tuntas mortir bahan dina mortir a, lajeng lumangsungna lengkah ékstraksi.Homogénizer jaringan konvensional bisa jadi teu éféktif dina homogenizing jaringan tutuwuhan, sarta umumna teu dianjurkeun.

5. Precautions pikeun ékstraksi RNA

(1) Sampel jaringan kedah seger-gancang pikeun nyegah katirisan sareng thawing.

(2) Jaringan kedah digiling pinuh nalika ékstraksi, sareng jumlah jaringan henteu kedah sakedik teuing, sumawona seueur teuing.

(3) waktos inkubasi cukup kudu dibikeun sanggeus nambahkeun lysate ka pinuh lyse sampel.

(4) Nalika ngagunakeun métode Trizol pikeun ékstraksi, prinsip nyerep supernatant sanggeus stratifikasi nyaeta "resep mun inhale kirang ti inhale deui", sarta teu kudu nimba ka lapisan tengah, disebutkeun eta bakal ngabalukarkeun kontaminasi DNA génomik serius.

(5) Nalika ngumbah, cairan cuci kedah pinuh infiltrate sabudeureun témbok tube pikeun mastikeun cuci teleb.

(6) Pikeun métode ékstraksi kolom, sajaba detaching kolom sanggeus ngumbah, kolom adsorption ogé kudu ditempatkeun dina bangku ultra-bersih jeung ditiup pikeun 5-10 menit pikeun pinuh menguap pangleyur organik nepi ka kagaringan.

(7) Dina elution panungtungan sahiji metodeu kolom, sanggeus nambahkeun cai DEPC, éta kudu incubated pikeun 3-5 menit, atawa cai DEPC kudu dipanaskeun nepi ka 60 ° C sateuacanna pikeun ngaronjatkeun ngahasilkeun elution.Dina meulah Trizol tradisional jeung métode présipitasi isopropanol, RNA final ieu leyur dina cai DEPC, jadi hiji waktu luyu kudu dibikeun pikeun disolusi, sarta handap tube centrifuge kudu terus ditiup ku tip pipette.

3 Ttilu Cukang lantaranana jeung solusi pikeun konsentrasi RNA low / kualitas goréng
 
1. ngahasilkeun teuing low
Sampel sasari teuing low, jumlah total teu cukup, atawa sampel sasari teuing jeung lysis teu lengkep;jaringan atawa sél kualitas luyu kudu dipaké pikeun ékstraksi, pre-perlakuan sampel kudu dipigawé ogé, sarta lysis kudu cukup.
 
2. résidu génom
Nalika ékstraksi ku padika Trizol, nalika supernatant disedot kana lapisan tengah saatos lapisan, kontaminasi génom anu serius bakal disababkeun;perawatan tambahan kudu dilaksanakeun nalika layering ulah nyeuseup kana lapisan tengah.Upami metodeu kolom dianggo pikeun ékstraksi, kit anu ngandung DNase I tiasa dipilih pikeun ékstraksi.Asam nukléat anu diserep dina mémbran langsung dicerna ku DNase I, anu tiasa ngirangan résidu DNA.
 
3. dégradasi RNA
Bisa jadi degradasi sampel sasari sorangan, atawa degradasi disababkeun salila prosés ékstraksi;Sajauh mungkin, sampel seger kudu dipaké pikeun ékstraksi RNA, sarta sampel dikumpulkeun kudu disimpen dina nitrogén cair atawa -80 ° C kulkas dina waktu, sarta ngulang katirisan sarta thawing kudu dihindari.Tips bébas RNase/DNase, tabung centrifuge jeung bahan séjén kudu dipaké dina prosés ékstraksi RNA.Prosés ékstraksi kudu jadi gancang-gancang.RNA anu diekstrak kedah disimpen dina kotak és sareng disimpen dina waktosna -80.Upami RNA anu diekstrak kedah dideteksi ku éléktroforésis gél, éléktroforésis kedah dilakukeun langsung saatos ékstraksi, sareng panyangga éléktroforésis kedah diganti ku anu énggal disiapkeun.
 
4. Uyah jeung résidu pangleyur organik
Réagen ékstraksi ngandung fénol jeung uyah guanidine, sarta leyuran cuci ngandung étanol.Salila prosés ékstraksi, lysate teu sagemblengna kaserep tur dipiceun, sarta leyuran cuci teu pinuh garing.Sisa uyah sareng pangleyur organik ngabahayakeun pikeun transkripsi sabalikna sareng PCR salajengna.Tingkat inhibisi anu béda-béda, ku kituna lysate jaringan kedah dileungitkeun sapinuhna nalika prosés ékstraksi, sareng cucian kedah cekap supados témbok sakurilingna tiasa dikumbah.Salaku tambahan, tabung dikosongkeun sareng ditiup mangrupikeun léngkah anu diperyogikeun, anu bakal ngirangan résidu bahan organik.
 
Kanggo inpo nu langkung lengkep ihwal ékstraksi RNA, mangga tuturkeun halaman wéb kami:
www.foreivd.com kanggo inpormasi lengkep.

7

waktos pos: Dec-01-2022