• facebook
  • linkedin
  • youtube

Munculna SARS-CoV-2 B.1.1.7 Silsilah

Amérika Sarikat, 29 Désémber 202012 Januari 2021

Summer E. Galloway, PhD 1;Prabasaj Paul, PhD 1;Duncan R. MacCannell, PhD 2;Michael A. Johansson, PhD 1;

John T. Brooks, MD 1;Adam MacNeil, PhD 1;Rachel B. Slayton, PhD 1;Suxiang Tong, PhD 1;Benjamin J. Sutra, PhD 1;Gregory L. Armstrong, MD 2;

Matthew Biggerstaff, ScD 1;Vivien G. Dugan, PhD

Dina 15 Januari 2021, laporan ieu dipasang salaku MMWRKaluaran awal dina ramatloka MMWR (https://www.cdc.gov/mmwr).

Dina 14 Désémber 2020, Inggris ngalaporkeunvarian perhatian SARS-CoV-2 (VOC), silsilah B.1.1.7,disebut oge VOC 202012/01 atawa 20I/501Y.V1.*varian B.1.1.7 diperkirakeun geus mecenghul dina bulan Séptember2020 sareng parantos gancang janten sirkulasi dominanVarian SARS-CoV-2 di Inggris (1).B.1.1.7 geusdideteksi di langkung ti 30 nagara, kalebet Amérika Serikat.Salakutina 13 Januari 2021, kurang leuwih 76 kasus B.1.1.7 bogadideteksi di 12 nagara bagian AS.Sababaraha garis buktinunjukkeun yén B.1.1.7 leuwih éfisién dikirimkeun ti nuvarian SARS-CoV-2 séjén (13).lintasan dimodelkeun tinavarian ieu di AS némbongkeun pertumbuhan gancang dina awal 2021,janten varian utama dina Maret.NgaronjatPanyebaran SARS-CoV-2 tiasa ngancem perawatan kaséhatan anu tegangsumberdaya, merlukeun palaksanaan nambahan sarta leuwih rigorousstrategi kaséhatan masarakat (4), sarta ngaronjatkeun persentase tinakekebalan populasi diperlukeun pikeun kontrol pandémik.NyandakUkuran pikeun ngirangan transmisi ayeuna tiasa ngirangan poténsialdampak B.1.1.7 sarta ngidinan waktos kritis pikeun ngaronjatkeun vaksincakupan tion.Sacara koléktif, panjagaan génomik ditingkatkeundigabungkeun jeung patuh terus jeung publik éféktifukuran kaséhatan, kaasup vaksinasi, jarak fisik,pamakéan masker, kabersihan leungeun, jeung isolasi jeung karantina, bakalpenting pikeun ngawatesan sumebarna SARS-CoV-2, virusanu nyababkeun panyakit koronavirus 2019 (COVID-19).Strategisnguji jalma tanpa gejala tapi dina resiko luhurinféksi, sapertos anu kakeunaan SARS-CoV-2 atanapi anu ngagaduhankontak sering teu bisa dihindari jeung publik, nyadiakeun sejenkasempetan pikeun ngawatesan sumebarna lumangsung.

Panjagaan génomik global sareng shar open-source gancangurutan génom viral geus mempermudah deukeut real-timedeteksi, ngabandingkeun, sareng ngalacak kamekaran SARS-CoV-2varian nu bisa nginpokeun usaha kaséhatan masarakat pikeun ngadalikeunpandemi.Sedengkeun sababaraha mutasi dina génom viralmuncul lajeng surut, batur bisa maparin advan selektiftage kana varian, kaasup transmissibility ditingkatkeun, ku kitunavarian misalna bisa gancang ngadominasi varian sirkulasi séjén.

Dina awal pandémik, varian SARS-CoV-2 ngandungmutasi D614G dina spike (S) protéin nu naekavidity mengikat reséptor gancang jadi dominan di lobawewengkon géografis (5,6).Dina ahir usum gugur 2020, sababaraha nagara ngalaporkeun ngadeteksiVarian SARS-CoV-2 anu nyebarkeun langkung éfisién.Salaku tambahankana varian B.1.1.7, varian kasohor kaasup B.1.351katurunan munggaran dideteksi di Afrika Kidul sareng anu nembe dikenalkeunB.1.1.28 subklade (digantiP.1) dideteksi dina opat wisatawanti Brazil salila screening rutin di Haneda (Tokyo)bandara.§ Varian ieu mawa konstelasi muta genetiktions, kaasup dina domain S protein reséptor-ngariung,penting pisan pikeun ngabeungkeut angiotensin-sél host.ngarobah énzim-2 (ACE-2) reséptor pikeun mempermudah virusasupna.Bukti nunjukkeun yén mutasi séjén kapanggih dina ieuvarian bisa masihan teu ngan ngaronjat transmissibility tapibisa ogé mangaruhan kinerja sababaraha diagnostik real-timetranskripsi sabaliknaréaksi ranté polimérase (RT-PCR)assayssarta ngurangan karentanan kana neutralizing antibodi(2,3,510).A laporan kasus panganyarna documented kasus munggaran ngeunaanInféksi deui SARS-CoV-2 di Brazil nganggo varian SARS-CoV-2nu ngandung mutasi E484K, ** nu geus ditémbongkeunpikeun ngurangan nétralisasi ku sérum convalescent sareng monoklonalantibodi (9,10).

Laporan ieu museurkeun kana mecenghulna varian B.1.1.7di Amérika Serikat.Nepi ka 12 Januari 2021, henteu ogéB.1.351 atawa varian P.1 geus kauninga dinaAmérika Sarikat.Kanggo inpormasi ngeunaan munculna SARS-CoV-2varian perhatian, CDC ngajaga hiji kaca web dedicated kanyayogikeun inpormasi ngeunaan varian SARS-CoV-2 anu muncul.††

 B.1.1.7 nasab (20I/501Y.V1)

Varian B.1.1.7 mawa mutasi dina protéin S(N501Y) nu mangaruhan konformasi reséptor-ngariungdomain.Varian ieu ngagaduhan 13 mutasi-definisi nasab B.1.1.7 (Tabel), sababaraha diantarana aya dina protéin S,kalebet ngahapus dina posisi 69 sareng 70 (del6970) étamekar sacara spontan dina varian SARS-CoV-2 anu sanés sarenghipotésis pikeun ngaronjatkeun transmissibility (2,7).Ngahapusdina posisi 69 jeung 70 ngabalukarkeun S-gén target gagalna (SGTF)dina sahanteuna hiji RT-PCRtés diagnostik dumasar (ie, kalawanThermoFisher Taq Path COVID-19 assay, anu B.1.1.7 varisireum jeung varian séjén kalawan del6970 ngahasilkeun négatiphasilna pikeun target S-gén jeung hasil positif pikeun dua liannasasaran);SGTF geus dilayanan salaku proxy di Britania Rayapikeun ngaidentipikasi B.1.1.7 kasus (1).Sababaraha garis bukti nunjukkeun yén B.1.1.7 leuwihéfisién dikirimkeun dibandingkeun sareng SARS-CoV-2 anu sanésvarian beredar di Britania Raya.wewengkon UK kalawanproporsi luhur runtuyan B.1.1.7 miboga wabah gancangtumuwuh ti wewengkon séjén, diagnoses kalawan SGTF ngaronjatgancang ti diagnoses non-SGTF di wewengkon sarua, sartaproporsi luhur kontak anu kainféksi ku penderita indékskalawan B.1.1.7 inféksi ti ku penderita indéks kainfeksivarian séjén (1,3).Varian B.1.1.7 boga potensi pikeun ngaronjatkeun pan ASlintasan demic dina bulan datang.Pikeun ngagambarkeun pangaruh ieu,a basajan, modél kompartemen dua-varian dimekarkeun.The Prévalénsi AS ayeuna B.1.1.7 diantara sakabeh sirkulasivirus teu kanyahoan tapi dianggap <0.5% dumasar kanajumlah kawates kasus kauninga sarta data SGTF (8).Pikeunmodel, asumsi awal kaasup hiji Prévalénsi B.1.1.7tina 0,5% diantara sakabeh inféksi, kekebalan SARS-CoV-2 tiinféksi saméméhna 10%30%, réproduktif anu béda-béda waktosjumlah (R t ) tina 1.1 (mitigated tapi ngaronjatkeun transmisi)atanapi 0,9 (nurunkeun transmisi) pikeun varian ayeuna, sareng dilaporkeun insiden 60 kasus per 100,000 jalma per dinten.1 Januari 2021. asumsi ieu teu persis ngagambarkeunsagala lokasi tunggal AS, tapi rada, nunjukkeun hiji generalisasi tinakaayaan umum di sakuliah nagara.Parobahan dina R t leuwihwaktos hasilna tina kekebalan kaala sarta ngaronjatkeun prevalence of B.1.1.7, ieu dimodelkeun, kalawan B.1.1.7 R t dianggapjanten konstanta 1,5 kali R t tina varian ayeuna, dumasar kanaperkiraan awal ti Britania Raya (1,3).Salajengna, dampak poténsi vaksinasi dimodelkeunasumsina yén 1 juta dosis vaksin dikaluarkeun perdinten mimiti 1 Januari 2021, sareng éta 95% kekebalanIeu kahontal 14 poé sanggeus narima 2 dosis.Sacara husus,kekebalan ngalawan inféksi jeung boh varian ayeuna atawa nuB.1.1.7 varian ieu dianggap, sanajan efektivitas jeunglilana panyalindungan ngalawan inféksi tetep teu pasti,sabab ieu sanés titik akhir utama uji klinispikeun vaksin awal.Dina modél ieu, B.1.1.7 Prévalénsi mimitina low, acan sababéta leuwih transmissible ti varian ayeuna, éta némbongkeuntumuwuh gancang dina awal 2021, janten variétas utamasireum dina Maret (Gambar 1).Naha transmisi arusvarian ngaronjat (awal R t = 1,1) atawa lalaunan nurun(awal R t = 0.9) dina Januari, B.1.1.7 drive parobahan badagdina lintasan transmisi sareng fase éksponénsial anyartumuwuhna.Kalayan vaksinasi anu ngajaga ngalawan inféksi, étalintasan wabah mimiti teu robah jeung B.1.1.7 sumebarmasih lumangsung (Gambar 2).Sanajan kitu, sanggeus B.1.1.7 jantenvarian dominan, transmisi na ieu substansi ngurangan.Pangaruh vaksinasi dina ngurangan transmisi di deukeutistilah éta greatest dina skenario nu transmisi étageus ngurangan (awal R t = 0,9) (Gambar 2).usaha mimiti étabisa ngawatesan sumebarna varian B.1.1.7, kayaning universal turngaronjat patuh kana strategi mitigasi kaséhatan masarakat,bakal ngidinan leuwih waktos keur vaksinasi lumangsung pikeun ngahontal luhurkekebalan tingkat populasi.

Sawala

Ayeuna, teu aya bédana anu dipikanyaho dina hasil klinispakait sareng varian SARS-CoV-2 anu dijelaskeun;kumaha oge,laju transmisi nu leuwih luhur bakal ngakibatkeun leuwih kasus, ngaronjatnajumlah jalma sakabéh anu merlukeun perawatan klinis, exacerngaleungitkeun beban dina sistem perawatan kaséhatan anu parantos tapis,sarta ngabalukarkeun leuwih maotna.Terus panjagaan génomikpikeun ngaidentipikasi B.1.1.7 kasus, kitu ogé mecenghulna séjénvarian perhatian di Amérika Serikat, penting pikeunTanggapan kaséhatan masarakat COVID-19.Sedengkeun hasil SGTFbisa mantuan ngaidentipikasi poténsi B.1.1.7 kasus nu bisa dikonfirmasiku sequencing, ngaidentipikasi varian prioritas nu teu némbongkeunSGTF ngandelkeun sacara éksklusif kana panjagaan dumasar-urutan.

 

 

 

Sebutan varian

Idéntifikasi munggaran  

Mutasi ciri

(protéin: mutasi)

Jumlah kasus runtuyan-dikonfirmasi ayeuna No. tina

nagara kalawan

runtuyan

Lokasi Kaping Amérika Sarikat Sadunya  
B.1.1.7 (20I/501Y.V1) karajaan Inggris Sep 2020 ORF1ab: T1001I, A1708D, I2230T,

del36753677 SGF

S: del6970 HV, del144 Y, N501Y,

A570D, D614G, P681H, T761I,

S982A, D1118H

ORF8: Q27stop, R52I, Y73C

N: D3L, S235F

76 15.369 36
B.1.351 (20H/501Y.V2) Afrika Kidul Okt 2020 ORF1ab: K1655N

E: P71L

N: T205I

S:K417N, E484K, N501Y, D614G,

A701V

0 415 13

 

P.1 (20J/501Y.V3 Brazil jeung Jepang Jan 2021 ORF1ab: F681L, I760T, S1188L,

K1795Q, del36753677 SGF, E5662D

S: L18F, T20N, P26S, D138Y, R190S,

K417T, E484K, N501Y, D614G,

H655Y, T1027I

ORF3a: C174G

ORF8: E92K

ORF9: Q77E

ORF14: V49L

N: P80R

0 35 2

 

Singgetan: del = ngahapus;E = protéin amplop;N = protéin nukléokapsid;ORF = pigura bacaan muka;S = protéin spike.

Pangalaman di Britania Raya jeung model B.1.1.7dibere dina laporan ieu ngagambarkeun dampak hiji leuwih nularvarian bisa boga on jumlah kasus dina populasi.Thengaronjat transmissibility tina varian ieu merlukeun hiji malah leuwihpalaksanaan gabungan rigorous vaksinasi jeung mitigaukuran (misalna jarak, masking, jeung kabersihan leungeun)pikeun ngadalikeun panyebaran SARS-CoV-2.Ukuran ieu bakalleuwih éféktif lamun aranjeunna instituted sooner tinimbang engképikeun ngalambatkeun panyebaran awal varian B.1.1.7.Usaha pikeunnyiapkeun sistem perawatan kaséhatan pikeun surges salajengna dina kasus anudijamin.Ngaronjat transmissibility ogé hartina leuwih luhurti cakupan vaksinasi diantisipasi kudu attained kangahontal tingkat kontrol panyakit anu sami pikeun ngajagaan masarakatdibandingkeun jeung varian kirang transmissible.Kolaborasi sareng akademisi, industri, nagara bagian, wilayah,suku, jeung mitra lokal, CDC jeung agénsi féderal séjénanu koordinasi jeung enhancing panjagaan génomik jeungusaha karakterisasi virus di sakuliah Amérika Serikat.CDCkoordinat usaha urutan AS ngaliwatan SARS-CoV-2Sequencing pikeun Tanggap Darurat Kaséhatan Umum,Epidemiologi, sareng Panjagaan (SPHERES)§§konsorsium,anu ngawengku kira-kira 170 lembaga anu milu sareng ngamajukeun babagi data kabuka pikeun ngagampangkeun panggunaan SARS-CoV-2.data runtuyan.Pikeun ngalacak évolusi virus SARS-CoV-2, CDC nyaétangalaksanakeun panjagaan génomik multifaceted ngartosprosés épidemiologis, imunologis, sareng évolusionérnu ngawangun filogéni viral (filodinamika);pituduh wabahpanalungtikan;sarta mempermudah deteksi na characterizakamungkinan inféksi deui, kasus terobosan vaksin, sarengvarian viral munculna.Dina Nopémber 2020, CDC ngadegkeunprogram National SARS-CoV-2 Strain Surveillance (NS3).pikeun ningkatkeun representasi tina SARS-CoV-2 domestikruntuyan.Program éta kolaborasi sareng 64 masarakat ASlaboratorium kaséhatan pikeun ngarojong sistem panjagaan génomik;NS3 ogé ngawangun kumpulan spésimén SARS-CoV-2 and urutan pikeun ngarojong réspon kaséhatan masarakat jeung ilmiahpanalungtikan pikeun evaluate dampak ngeunaan mutasi oncountermeasures médis dianjurkeun aya.CDC bogaogé dikontrak sareng sababaraha labora klinis komérsial ageungPikeun gancang ngaruntuykeun puluhan rébu SARS-CoV-2spésimén positif unggal bulan sarta geus dibiayaan tujuh akademiklembaga pikeun ngalaksanakeun panjagaan génomik dina partnershipkalawan agénsi kaséhatan publik, kukituna nambahkeun substansi kakasadiaan data panjagaan génomik timely ti sakuliahAmérika Sarikat.Salian inisiatif nasional ieu,loba agénsi kaséhatan publik kaayaan sarta lokal nu sequencing

GAMBAR 1. Simulasi lintasan kajadian kasus* tina varian SARS-CoV-2 ayeuna sareng varian B.1.1.7,asumsina euweuh vaksinasi masarakatboh R t awal = 1.1 (A) atanapi R t awal = 0.9 (B) pikeun varian ayeunaAmérika Sarikat, JanuariApril 2021

 

angka 1
angka 2
singgetan
angka 1

SARS-CoV-2 pikeun langkung ngartos epidemiologi lokal sarengngarojong réspon kaséhatan masarakat kana pandémik.Papanggihan dina laporan ieu tunduk kana sahenteuna tilu limittations.Kahiji, gedena kanaékan transmissibildi Amérika Serikat dibandingkeun sareng anu dititénan dinaBritania Raya tetep teu jelas.Kadua, PrévalénsiB.1.1.7 di Amérika Serikat ogé kanyahoan ayeuna, tapideteksi varian jeung estimasi Prévalénsi bakal ningkatkalawan ditingkatkeun usaha panjagaan AS.Tungtungna, mitiga lokalukuran tion ogé kacida variabel, ngarah kana variasi dinaR t.Hasil husus dibere dieu dumasar kana simulasareng nganggap euweuh parobahan dina mitigasi saluareun 1 Januari.The ngaronjat transmissibility tina perang varian B.1.1.7rants palaksanaan rigorous strategi kaséhatan masarakat pikeunngurangan transmisi jeung ngurangan potensi dampak B.1.1.7,meuli waktu kritis pikeun ngaronjatkeun cakupan vaksinasi.CDC urangdata modeling némbongkeun yén pamakéan universal tur ngaronjat compliance kalawan ukuran mitigasi jeung vaksinasi anu krusial pikeunngurangan jumlah kasus anyar jeung maotna substansi dinabulan datang.Salajengna, nguji strategis jalma tanpagejala COVID-19, tapi anu aya résiko ningkatinféksi jeung SARS-CoV-2, nyadiakeun kasempetan sejen pikeunngawatesan sumebar lumangsung.Sacara koléktif, panjagaan génomik ditingkatkeunlance digabungkeun jeung ngaronjat patuh kana kaséhatan publikstrategi mitigasi, kaasup vaksinasi, jarak fisikpamakéan masker, kabersihan leungeun, isolasi jeung karantina,bakal penting pikeun ngawatesan sumebarna SARS-CoV-2 jeungngajaga kaséhatan masarakat.

Pangakuan

Anggota Sequencing pikeun Darurat Kaséhatan UmumTanggapan, Epidemiologi sareng konsorsium Panjagaan;kaayaan jeung lokallaboratorium kaséhatan publik;Asosiasi Laboratorium Kaséhatan Umum;Tim Tanggapan CDC COVID-19;Cabang Virus Pernafasan,Divisi Panyakit Viral, CDC.Komite Éditor Jurnal Médis ngabentuk pikeun panyingkepan poténsialkonflik kapentingan.Henteu aya konflik poténsial anu diungkabkeun.

Rujukan

1. Kaséhatan Umum Inggris.Panalungtikan ngeunaan novel SARS-CoV-2 varian: varian perhatian 202012/01, pengarahan teknis 3. London, Britania Ageung: Kaséhatan Umum Inggris;2020. https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/950823/Variant_of_Concern_VOC_202012_01_Technical_Briefing_3_-_England.pdf
2. Kemp SA, Harvey WT, Datir RP, et al.Mecenghulna ngulang sareng panyebaran panghapusan spike SARS-CoV-2 ΔH69/V70.bioRxiv[Preprint dipasang online 14 Januari 2021].https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.14.422555v4
3. Volz E, Mishra S, Chand M, jeung sajabana.Pangiriman garis keturunan SARS-CoV-2 B.1.1.7 di Inggris: wawasan tina ngaitkeun data epidemiologis sareng genetik.medRxiv [Preprint dipasang online 4 Januari 2021].https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.12.30.20249034v2
4. Honein MA, Christie A, Rose DA, jeung sajabana;Tim Tanggapan CDC COVID-19.Ringkesan pituduh pikeun strategi kaséhatan masarakat pikeun ngatasi tingkat luhur transmisi komunitas SARS-CoV-2 sareng maotna anu aya hubunganana, Désémber 2020. MMWR Morb Mortal Wkly Rep 2020;69:1860–7.PMID:33301434 https://doi.org/10.15585/mmwr.mm694/mmwr.mm
5. Volz E, Hill V, McCrone JT, jeung sajabana;Konsorsium COG-Inggris.Evaluasi épék mutasi spike SARS-CoV-2 D614G dina transmisi sareng patogénitas.Sél 2021;184:64–75.e11.PMID: 33275900 https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.11.020
6. Korber B, Fischer WM, Gnanakaran S, jeung sajabana;Sheffield COVID-19 Génomics Group.Nyukcruk parobahan dina spike SARS-CoV-2: bukti yén D614G ningkatkeun inféktivitas virus COVID-19.Sél
2020;182:812–27.PMID:32697968 https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.06.043
7. McCarthy KR, Rennick LJ, Namnulli S, et al.Hapusan alami dina spike glikoprotein SARS-CoV-2 nyababkeun kabur antibodi.bioRxiv [Preprint dipasang online 19 Nopémber 2020].https://www.biorxiv.org/content/
10.1101/2020.11.19.389916v18.Washington NL, White S, Schiabor KM, Cirulli ET, Bolze A, Lu JTS.S pola turunna gen dina tés SARS-CoV-2 nunjukkeun panyebaran mutasi H69del/V70del di AS.medRxiv [Preprint dipasang online 30 Désémber 2020].https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.12.24.20248814v1
9. Weisblum Y, Schmidt F, Zhang F, et al.Kabur tina nétralisasi antibodi ku varian protéin spike SARS-CoV-2.eLife 2020;9:e61312.PMID:33112236 https://doi.org/10.7554/eLife.61312
10. Greaney AJ, Loes AN, Crawford KHD, et al.Pemetaan komprehensif mutasi kana domain beungkeutan reséptor SARS-CoV-2 anu mangaruhan pangakuan ku antibodi sérum manusa poliklonal.bioRxiv [Preprint dipasang online 4 Januari 2021].https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.31.425021v1


waktos pos: Feb-11-2021